Theodor Fischer werd in 1878 geboren in de Zwitserse plaats Luzern en kreeg een opleiding tot leraar. Nadat hij drie jaar als huisleraar gewerkt had in Engeland ging Fischer werken bij de Galerie Bossard in Luzern. Daarna werkte Fischer in Lausanne en later in Berlijn bij de kunsthandelaar Paul Cassirer (1871-1926). Cassirer had samen met zijn neef Bruno op 20 september 1898 in zijn huis de kunsthandel Bruno & Paul Cassirer, Kunst- und Verlagsanstalt gevestigd. Vanaf 1901 ging Paul Cassirer alleen verder. Bij Cassirer ontmoette Fischer als medewerker Karl Haberstock, die later voor Fischer een belangrijke handelspartner werd.
In 1907 opende Fischer een galerie in Luzern, daar Luzern een grote aantrekkingskracht op buitenlanders had. Fischer werkte vanaf het midden van de jaren twintig samen met Hans Wendland, Gustav Rochlitz, Walter Andreas Hofer en de al genoemde Karl Haberstock. Met Hofer, die later de directeur werd van Görings kunstverzameling, maakt Fischer via Wendland kennis. Mede door de Duitse contacten kreeg Fischer de veiling van Entartete Kunst in juni 1939. Haberstock was lid van de Kommission zur Verwertung der Produkte entarteter Kunst.
Fischer had niet alleen een galerie maar ook een veilinghuis, waar naast kunstvoorwerpen van middeleeuwse wapens tot en met moderne kunst ook bv. poserlein en meubels werden geveild. In de periode 1933-1945 vonden 45 veilingen bij Fischer plaats, waaronder een aantal waren voor het veilen van de bezittingen van uit Duitsland gevluchte joden. Via Fischer boden ook Zwitserse kunsthandelaren hun handelswaren aan of kochten zij. Dit waren o.a. Dr. Willi Raeber, Chrisoph Bernouilli, Tanner, Neupert, Aktuaryus, Dr. Fritz Nathan. De grootste koper was de kunstverzamelaar Emil G. Bührle, die door zijn zeer goed lopende wapenfabriek over ruime financiën beschikte.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog verkreeg Fischer vele kunstwerken, die afkomstig waren uit geconfisqueerde kunstverzamelingen in Frankrijk. De schrijver Thomas Buomerger beschreef in zijn boek Raubkunst - Kunstraub Die Schweiz und der Handel mit gestohlenen Kulturgütern zur Zeit des Zweiten Weltkriegs uit 1998 uitvoerig de rol van Fischer en de pogingen van Fischer om de indruk te wekken, dat hij in goed vertrouwen de kunstwerken had gekocht. Fischer verkocht schilderijen uit het bezit van Paul Rosenberg en Alphonse Kann aan Emil Bührle. Nadat Rosenberg en Kann met succes de werken tijdens de z.g. Raubgut-Prozessen hadden teruggeëist van Bührle voerde Bührle een proces tegen Fischer voor een schadevergoeding. Bürhle won en ontving van Fischer 568.000 Zwitserse Francs.